Los habitantes de Hyrule se están desvaneciendo poco a poco a causa de extrañas brechas que han surgido de repente y, entre los desaparecidos, se encuentra cierto conocido espadachín. Ahora está en manos de la princesa Zelda salvar su reino. Aúna fuerzas con la misteriosa hada Tri, y usa el poder del cetro de Tri para crear réplicas, es decir, duplicados de cosas que encuentres en el entorno. Luego podrás recrear dichas réplicas cuando lo necesites para resolver acertijos y derrotar a los enemigos.